В программе Handy Backup сжатие файлов при копировании осуществляется в самом распространённом и универсальном формате — ZIP. Это сделано для сохранения высокой доступности сжатых данных.
Программа осуществляет сжатие данных из разных директорий в один Zip архив, или же записывает сжатые файлы по отдельности, каждый файл в собственный архив. Вы можете выбрать, какой вариант более удобен для конкретной задачи.
Если вы создадите zip архив, а потом измените один файл, программа перезапишет весь архив. Это делается для того, чтобы программа имела возможность отката к предыдущей версии архива в случае ошибки (то есть, старый архив будет сохраняться до тех пор, пока не будет создан новый архив).
Узнать больше по теме: сжатие резервных копий