Ответ прост: инкрементальное и дифференциальное резервное копирование и восстановление использует алгоритмы сравнения отдельных файлов. Эти алгоритмы не могут работать, если вы поместите файлы в один общий архив. Иными словами, дифференциальное и инкрементальное копирование всегда работает только с отдельными файлами.